프리페어드 명령문과 관련해서 지금까지 알려져 있는 문제점들은 다음과 같다:
- TIME, TIMESTAMP, 그리고 DATETIME는 초 (second) 부분을 지원하지 않는다 (예를 들면 DATE_FORMAT())
- 클라이언트에서 부동 소수점 번호를 스트링으로 변환하는 경우, 변환된 값의 가장 오른쪽 숫자는 원래의 값과 다소 차이가 발생할 수도 있다.
- MySQL 5.1.17 이전 버전의 경우, 프리페어드 명령문은 쿼리 캐시를 사용하지 않는다.
- 프리페어드 명령문은 멀티-명령문을 지원하지 않는다 (즉, ‘;’ 문자로 구분된 싱글 스트링에 들어 있는 멀티-명령문). 이것은 프리페어드 명령문이 멀티 결과 셋을 지원하지 않기 때문에 프리페어드 명령문은 결과 셋을 리턴하는 스토어드 프로시져를 실행할 수 없다는 것을 의미하기도 하는 것이다.